16s RNA测序与生信分析服务

16s RNA测序与生信分析

16S rRNA是细菌分类学研究中常用的“分子钟”，其序列包含9个可变区（Variable region）和10个保守区（constant region），可变区反映物种间的差异，保守区反映生物物种间的亲缘关系，通过检测16S rRNA的序列变异和丰度，可以了解环境样品中群落多样性信息、在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用。

16S rRNA基因测序常见名词解释：

1、OTU分析：(operational taxonomic unit)，是在系统发生学或群体遗传学研究中，为了便于进行分析，人为给某一个分类单元（品系，属，种、分组等）设置的统一标志，要了解一个样本测序结果中的微生物多样性和丰度， 就需要对序列进行聚类（cluster）。通过聚类操作，将序列按照彼此的相似性分归为许多小组，一个小组就是一 个OTU，每个OTU一代表一种16S rRNA，一个OTU对应于一个物种。

2、Alpha多样性：反映微生物群落的丰富度和多样性，包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性，常见的度量指标有sobs、Cha o 、Simpson、shannon等。

3、Beta多样性：即不同样品间的微生物多样性，衡量不同样品之间的差别。

4、稀释曲线：主要利用各样本在不同测序深度时的微生物 Alpha 多样性指数构建曲线，以此反映各样本在不同测序数量时的微生物多样性。

16s rRNA测序的优点

1、测序成本相对较低。

2、16s rRNA基因分布广泛，且序列丰度超过其他基因。

3、可用于测定不同类群之间的系统发育关系。

结果展示：

Rank-Abundance 曲线：可用来解释多样性的两个方面，即物种丰度和物种均匀度。在水平方向，物种的丰度由曲线的宽度来反映，物种的丰越高，曲线在横轴上的范围越大；曲线的形状（平滑程度）反映了样本中物种的均度，曲线越平缓，物种分布越均匀。

稀释曲线：采用对序列进行随机抽样的方法，以抽到的序列数与它们对应的物种（如OTU）数目或多样指数，构建 Rarefaction curve。若多样性指数为sobs（表征实际观测到的物种数目），当曲线趋向平时，说明测序数据量合理，更多的数据量只会产生少量新的物种（如OTU），反之则表明继续测序还可能产生（较多新的物种）。

16s RNA测序分析可帮助科研人员很好地了解环境样品中群落多样性信息，研究微生物生态。纳全16s RNA测序分析服务，将通过便捷的服务流程、高质量的测序数据、详尽的生信分析报告，更好的服务科研人员研究病原微生物。